为使合作医疗补偿款安全、及时、准确地划拨到参合农民手中，2007年，霸州市正式启用了合作医疗基金“财E通”网上电子银行业务，使所有合作医疗资金的管理实现网络化。 
     
    相对于传统的转账业务，网上电子银行使用工商银行提供的加密授权证书卡，登录工商银行网站的网上银行操作界面，由合作医疗管理中心使用一级授权，通过互联网将需要转账的账户信息录入网上银行，市财政局使用二级授权，根据合管中心提交的申请对网上银行的信息进行审核，准确无误后，予以确认拨款，避免了人为操作、密码丢失等情况造成的金融风险，最大限度地保证了基金安全。银行间划款的到账时间由过去的4—8个工作日缩短到1—3个工作日，定点医疗机构和参合农民收款时间缩短了一半。使用网上电子银行划账不再需要填写转账凭证、签字盖章、送交银行等传统的手工操作，大大降低了工作量。2006年，霸州市划拨合作医疗补偿款1167笔，支付转账费用10389．5元，而2007年，全年转账费用仅需2000元，极大地节省了合作医疗的管理成本。