中国农业发展银行在机构设置上实行总行、一级分行、二级分行、支行制；在管理上实行总行一级法人制，总行行长为法定代表人；系统内实行垂直领导的管理体制，各分支机构在总行授权范围内依法依规开展业务经营活动。

　　中国农业发展银行总行设在北京。其分支机构按照开展农业政策性金融业务的需要，并经银监会批准设置。截至2006年底，除总行及总行营业部外，设立省级分行30个；地（市）分行（含省级分行营业部）330个，地（市）分行营业部210个，县（市）支行1600个，县级办事处3个。目前暂未在西藏自治区设立分支机构。